1871-1905 гг.

Первый период характеризуется значительными достижениями в исследованиях по сравнительной анатомии, эмбриологии, эволюционной эмбриологии и физиологии.
Главной задачей СБС в первые годы ее существования было изучение флоры и фауны Черного моря, а именно:
  • исследование горизонтального и вертикального распространения представителей животного и растительного царства в связи с господствующими в этом мире внешними физическими условиями жизни;
  • систематическое наблюдение над периодическими изменениями ряда физических факторов (температура, соленость и т.д.);
  • составление и хранение коллекции растительных и животных организмов;
  • предоставление приезжими специалистами возможности для научных занятий.

В 1869 г. в Москве состоялся II съезд естествоиспытателей и врачей, на котором выступил Николай Миклухо-Маклай, призвавший создавать морские биостанции для развития исследований на морях. Съезд поддержал его и принял решение о создании Севастопольской биостанции. Выполнение этого решения взяло на себя Общество естествоиспытателей при Новороссийском (то есть Одесском) университете, в котором в это время работали такие выдающиеся биологи, как А. Ковалевский, И. Мечников, И. Сеченов, В. Заленский и Л. Ценковский, принявшие непосредственное участие в основании первой в Российской империи морской биологической станции.

В 1871 г. Севастопольская биологическая станция (СБС) была открыта.
Первое помещение для нее было снято на улице Адмиралтейской (ныне улица Ленина). Но оно оказалось сырым и мрачным, поэтому вскоре переехали в район нынешнего железнодорожного вокзала, а затем в дом Каракоза около Артиллерийской бухты, где сняли квартиру.

По предложению А. Ковалевского первым заведующим СБС избрали москвича В. Ульянина В.Н. (1875-1880 гг.). С именем Ульянина В.Н. связана первое упорядочение знаний о фауне и зоогеографии Черного моря. В «Материалах для фауны Черного моря» (1872г) в котором содержится список из 380-ти видов животного населения в Черном море, из которых 82 вида прибавлено самим автором; свод всей литературы, относящийся прямо или косвенно к фауне Черного моря, а также изложены его воззрения на характер и сродство черноморской фауны с соседними морями. Он совместно с Обществом естествоиспытателей приложил все силы для получения государственной финансовой поддержки, и в 1875 году СБС перешла на государственное финансирование.

В 1878 году Ульянин уехал из Севастополя и впоследствии стал профессором Варшавского университета, а СБС возглавила доктор философских наук (естествознание входило в философские науки) Софья Михайловна Переяславцева — первая женщина-руководитель научно-исследовательского морского учреждения. Ее деятельность была посвящена изучению фауны Черного моря и севастопольской бухты, полученные результаты опровергли законы, установленные известным зоологом Мережковским К.С. для фауны простейших.

В 1880г. (и по 1891г.) Переяславцева С.М. по рекомендации Ковалевского А.О. становится заведующей СБС. Ею была составлена зоологическая карта севастопольской бухты, которая, к сожалению, впоследствии была утеряна. За годы работы на станции Переяславцева С.М. выполнила важные работы по альгологии Черного моря, строению, развитию и систематике червей, развитию коловраток, размножению и систематике простейших, развитию ракообразных. Описала 25 новых для Черного моря видов турбеллярий и 205 видов беспозвоночных.

Первым директором СБС был избран в 1889г. Ковалевский А.О. (академик с 1890г.). Заслуга Ковалевского А.О. перед отечественной наукой и, особенно перед СБС так велика, что она «… останется памятником его работ и трудов на пользу науки России». К этому времени уже был широко известен в научном мире. Им было доказано образование зародышевых листков в процессе развития как беспозвоночных, так и позвоночных животных и сделал обобщение о соответствии зародышевых листков у представителей всех систематических групп. Исследования Ковалевского А.О. имели выдающееся значение для решения вопроса о происхождении позвоночных. Выдвинул отечественную эмбриологию на первое место в мировой литературе.

По инициативе Ковалевского А.О. в 1891г. СБС была переведена в ведение Академии наук, что упрочило ее положение как научного учреждения и расширило возможности научных исследований. Ковалевский А.О. отдал много сил по организации работы станции, созданию уникальной библиотеки и постройки собственного здания СБС и устройстве публичного морского аквариума.

В 90-х годах были осуществлены попытки определить границу жизни в Черном море. В эти же годы начато решение практических задач: работы по продуктивности рыб, моллюсков и т.д.

В 1891г. в заведование станции вступил приват-доцент Казанского университета, доктор зоологии Остроумов А.А. К этому времени наметились главные задачи изучения зоогеографии Черного моря и истории его фауны; в результате глубокомерных экспедиций было открыто сероводородное заражение вод Черного моря (Андрусов Н.И., Лебединцев А.А., Зелинский Н.Г.). Участие Остроумова А.А. в исследованиях СБС предопределило расширение фаунистических исследований черноморского бассейна на все Черное, Азовское, Мраморное моря и на Босфор.

В 1896г. Остроумов А.А. издал «Определитель рыб Черного и Азовского морей», который сохранял свое значение до выхода в свет в 1923г. определителя Книпповича И.М. Впервые в его работах дано представление о закономерностях и вертикальном распределении донных животных. Кроме того, труды Остроумова А.А. дали возможность в главнейших чертах выяснить естественную историю и развитие фауны Черного, Азовского, Мраморного морей, проливов Босфор и Дарданелл.

В 1897г. СБС переезжает в специально построенное для нее здание. При СБС был открыт публичный морской аквариум: 12-й в мире (включая пресноводные), 11-й в Европе, но первый и единственный в России.

С 1902г. (и по 1918г.) после смерти Ковалевского А.О. директором СБС был назначен академик Заленский В.В., который пригласил на должность заведующего станцией С. Зернова, развернувшего большие работы в области ихтиологии и гидробиологии. С. Зернов вскоре опубликовал три «Отчета по исследованию рыболовства Таврической губернии», которые содержат обстоятельные материалы по экономике и технике рыболовства и по биологии рыб, а также ценную сводную таблицу рыболовных периодов на пространстве от Азовского моря до севастопольской бухты.