1905-1922 гг.

Второй период примечателен детальным изучением бентосных биоценозов Черного моря.
С 1902 по 1918 гг. директором СБС был академик Заленский В.В. В это же время на станции начинает работать в должности старшего зоолога будущий академик Зернов С.А. Благодаря их усилиям на СБС широко развертываются как научные, так и прикладные исследования по экологии видов фауны и флоры, сезонной динамики жизни черноморского планктона, распределению донных организмов в севастопольской бухте и прилегающей части Черного моря.Формируется научный флот СБС: 36-футовый бот «Александр Ковалевский», 2 парусные лодки «Василий Ульянин» и «София Переяславцева» и 1 байдарка.

С 1907г. при СБС под руководством Зернова С.А. организуется постоянно действующий практикум студентов. Одновременно практиковалось до 20 человек. В это же время число постоянных сотрудников выросло с 10 до 40 человек. Уникальные работы, выполненные в 1909г. Зерновым С.А., сохранили актуальность до настоящего времени. Это карта распределения биоценозов морских организмов в севастопольских бухтах и прилегающей части моря; это открытие и описание уникального биоценоза огромных по площади зарослей морской водоросли динофлоры, получивших позднее название «Поле Зернова». В итоге судовых съемок было изучено распределение биоценозов почти вдоль всего побережья Черного моря.

В 1913г. Зернов С.А. опубликовал фундаментальную монографию «К вопросу от изучения Черного моря», обобщающую результаты его биоценологических исследований. Материалами ее и поныне пользуются при нынешних обследованиях севастопольских бухт и др. районов Черного моря для сравнения и для анализа последующих изменений в жизни моря.

В период первой мировой и гражданской войн деятельность СБС приостановилась, так как в 1915 году С. Зернов покинул Севастополь. Возобновилась она только в 1920 году, когда директором был назначен академик Н. Насонов. При нем развернулись исследования планктона и гидрохимии Черного моря. СБС приняла участие в комплексных океанографических исследованиях под руководством профессора Ю. Шокальского. Так же возобновились знаменитые студенческие «практикумы».

1918-1919г.г. директор — академик Андрусов Н.И., умер за границей.

1919-1922г.г. директор Палладин В.И., тяжело болен, умирает.

В 1921г. (по 1931г.) на пост зав. СБС заступает Никитин В.Н.

В 1922г. Зернов А.С. избирается академиком АН СССР и занимает пост директора СБС. Научная работа Зернова С.А. приобретает экологическое направление и в его исследованиях обозначаются контуры молодой науки — гидробиологии.