1945-1958 гг.

Послевоенное восстановление станции. Начались обширные исследования по микробиологии и гидрохимии Черного моря, по изучению фитопланктона открытых вод, что было важно для разрешения научных споров о биологической продуктивности и кормности срединных частей Черного моря. В этот период выполнялись гидролого-синоптические съемки с привлечением большого числа судов, целью которых являлось установление связи между распределением планктона и рыб.
Наряду с разработкой теоретических проблем морской радиоэкологии, и на их основе проводились работы, связанные с практическими вопросами радиационной безопасности гидро-биосферы и человека.
Научные исследования СБС начались уже в 1945г.: были сданы в печать более 30 научных и 20 популярных статей, сдан в печать юбилейный том трудов станции.В сентябре 1946г. СБС совместно с Севастопольской морской обсерваторией и Институтом микробиологии АН УССР предприняла первые после войны экспедиционные исследования на Черном море. На основании пересмотра данных по биологии, гидрологии и геологии Черного моря, Водяницкий В.А. развил и доказал гипотезу о строении Черного моря, принципиально отличающуюся от общепринятой теории, установленной в 90-х годах прошлого века.

В 1947 г. отдавая должное научным и организаторским заслугам Ковалевского А.О., его имя было присвоено СБС.

В 1948 г. с помощью местных властей, Черноморского флота и непосредственного участия сотрудников СБС была восстановлена.

В июле 1949г. на СБС создана лаборатория по изучению биологии морских обрастаний (под руководством профессора Паули В.Л.) которая совместно с Институтом им. Крылова А.Н. занималась также изучением эффективности противообрастающих покрытий кораблей.

В 50-е годы по заданию Министерства рыбной промышленности под руководством Миронова Г.Н. начато детальное изучение химического действия мелкого планктонного животного ноктилюки, вызывающей свечение моря. В эти годы на СБС пришли молодые специалисты Петипа Т.С., Поликарпов Г.Г., Дехник Т.В., Павлова Е.В., Маккавеева Е.Б. и др. Огромный вклад в экспериментальную экологию был сделан В. Ивлевым, который явился инициатором целого ряда работ в области физиологии планктонных организмов, охватывающих такие проблемы как питание, миграция, обмен веществ и др. Ю. Алеев определил принципы функциональной и экологической морфологии нектонных организмов.

В 1951г. в штат станции была введена аспирантура. Первыми аспирантами стали ихтиолог Алеев Ю.Г., зоолог-специалист по донным организмам — бентосу Кисилева М.И, и микробиолог Лебедева М.Н., впоследствии защитившие не только кандидатские, но и докторские диссертации.

В 1952г. была организована ихтиологическая лаборатория и положено начало организации лаборатории физиологии животных.

В 1952г. по Постановлению Совета Министров СССР взамен погибшего во время войны экспедиционного судна «Академик Ковалевский» СБС был передан Минрыбпромом логгер с целью его переоборудования для проведения комплексных биологических и океанологических исследований. Перестройка его длилась 4 года. Экспедиционное судно получило традиционное название «Академик Ковалевский».

В 1953г. СБС приняла кураторство по отдельным темам исследований, проводимых на Карадагской биологической станции. Правительство высоко оценило работу СБС: шесть сотрудников станции были удостоены правительственных наград. Орденом Ленина были награждены профессор Водяницкий В.А., профессор Морозова-Водяницкая Н.В., профессор Паули В.Л.

В 1956г. на СБС была создана новая лаборатория радиобиологии, поднявшая станцию на новую ступень в мировой науке. В лаборатории развертывались исследования по радиобиологии на экологическом уровне, приведших к формированию важного ее раздела — радиоэкологии. Это была первая в СССР, а также на Черном море и Средиземноморском бассейне лаборатория. Лабораторию возглавил молодой талантливый ученый Поликарпов Г.Г., впоследствии ставший академиком НАН Украины. Наряду с разработкой теоретических проблем морской радиоэкологии, и на их основе, в лаборатории проводились работы, связанные с практическими вопросами радиационной безопасности гидро-биосферы и человека. Результаты исследований лаборатории служили материалом для советских представителей в Международном агентстве по атомной энергии (МАГАТЭ) по вопросу об удалении радиоактивных отходов в моря и океаны, основой для докладов Научного Комитета ООН по действию ионизирующей радиации, в частности, радиоактивности морских организмов, использовались отделом радиационной безопасности Госкомитета по атомной энергии СССР. В 1957г. благодаря работам лаборатории и работам Водяницкого В.А. по водообмену — недопустимость захоронения в Черном море радиоактивных отходов.