1958-1980 гг.

Период, охватывающий годы с 1958г. по 1980г. отмечен интенсивным исследованием структуры и функционирования планктонных и бентосных экосистем в Средиземном море, Атлантическом и Индийском океанах. Были выполнены такие работы, как оценка первичной продукции, потока энергии в пищевых цепях, проведены определения видового состава водорослей, беспозвоночных и рыб, исследования биологии и динамики кальмаров в Атлантическом и Индийском океанах. Работы по биологии обрастания и обрастающих организмов дали возможность определять сроки докирования судов и служили биологическим контролем при проектировании противообрастающих покрытий, применяемых для судов и подводных сооружений.
Особое направление исследований образуют работы по биоакустике, функциональной морфологии и гидродинамике водных животных — дельфинов, рыб, ластоногих кальмаров, дающих ценные материалы для решения ряда технических задач при освоении человеком подводной среды и гидробионики. Разрабатываются методы искусственного выращивания рыб, проводятся работы по культивированию различных видов зоопланктона в Институте.
Проводятся исследования по радиоактивному и нефтяному загрязнению морей — исследование нефтеокисляющих микроорганизмов и процессов самоочищения моря от нефтяного загрязнения.
В 1958г. начались экспедиционные исследования на Средиземном и Красном морях с целью получения сравнительных данных о количественном развитии жизни и продуктивности. Позднее (в 1962г.) работы были распространены на Центрально-Американские моря и тропическую зону Атлантического океана.В 60-е годы работы по биологии обрастания и обрастающих организмов давали возможность определять сроки докирования судов и служили биологическим контролем при проектировании противообрастающих покрытий, применяемых для судов и подводных сооружений, продолжалась работа по систематике, морфологии и фаунистике, появилось новое направление — экспериментальное изучение организмов и среды в лабораторных условиях и соответствующий контроль в природных условиях.

В 1961г. был решен вопрос о передаче СБС в ведение АН УССР, а в 1963г. Постановлением Совета Министров и Постановлением Комитета по координации научно-исследовательских работ СССР Президиум АН УССР утвердил создание Института биологии южных морей АН УССР с центром в г. Севастополе. Обязанности директора ИнБЮМ возлагались на чл.-корр. АН УССР Водяницкого В.А., ставшего первым директором нового морского института. Водяницким В.А. была разработана программа исследований института.

Преобразование СБС в институт значительно расширило объем научно-исследовательских работ, увеличилось количество отделов, вырос штат. В состав ИнБЮМ вошли самая молодая биологическая станция (основана в 1954г.) в г. Одессе и созданная на личные средства приват-доцента Московского университета врача Вяземского Т.И. в 1914г. Карадагская биологическая станция.

Издание книги Г.Г.Поликарпова в 1964 г. «Радиоэкология морских организмов» явилось яркой вехой в развитии соответствующего направления в ИнБЮМ и во всем мире.

С июля 1964 г. по сентябрь 1965 г., в соответствии с соглашением о научном сотрудничестве между АН СССР и Национальной комиссией АН Республики Куба была осуществлена 1-я длительная экспедиция в Центрально-Американских морях. С активной помощью ученых ИнБЮМ с января 1965 г. на Кубе был открыт Институт океанологии АН Республики Куба.

К 1965 г. ИнБЮМ являлся наиболее крупным в СССР биологическим институтом, для которого была характерна тесная взаимосвязь экспедиционных и экспериментальных исследований.

В 1968 г. заслуженный деятель науки В.А.Водяницкий ушел на пенсию. Институт возглавил чл.-корр. АН УССР Грезе В.Н., продолживший руководство направлениями исследований, намеченными В.А.Водяницким.

В конце 60-х годов в ОдО ИнБЮМ было сделано сенсационное открытие: с.н.с. Зайцев Ю.П. обнаружил в верхнем 5-сантиметровом слое морской воды целый мир бактерий, простейших, личинок, разных морских животных. Этот слой был назван гипонейстоном. Работы Ю.П.Зайцева заложили основы нового направления в науке — нейстонологии. Созданный в ОдО ИнБЮМ в 1966 г. отдел гипонейстона был первым в мире, а открытие Зайцева Ю.П. нашло практическое воплощение в разведении камбалы-калкана в лимане и конструировании особого гипонейстонного трала для разведки запасов промысловых рыб.

В 1971 г. Институт впервые был представлен на постоянной выставке АН СССР при ВДНХ СССР, где получил высокую оценку — диплом 1 степени, а руководители и исполнители представленных тем — серебряные (3) и бронзовые (11) медали. За разработку научных основ определения возможного вылова рыб, руководителю темы и автору метода расчета чл.-корр. АН УССР Грезе В.Н. была присуждена высшая награда — Диплом почета ВДНХ СССР.

Под руководством О.Г. Миронова развивается новое направление морской микробиологии — исследование нефтеокисляющих микроорганизмов и процессов самоочищения моря от нефтяного загрязнения.

В 70-е годов в связи с уменьшением естественных запасов ценных промысловых рыб в Азовском и Черном морях, перед наукой встал вопрос разработки методов искусственного выращивания рыб. Необходимо было обеспечить и корм для их личинок. Работы по культивированию различных видов зоопланктона в Институте велись в отделе функционирования экосистем, которым руководила чл.-корр. АН УССР Т.С.Петипа. В лаборатории физиологии планктонных водорослей занимались выращиванием одноклеточных водорослей — корма для личинок многих видов рыб, моллюсков и беспозвоночных. В институте была создана установка для выведения, содержания и выращивания личинок одной из важнейших промысловых рыб Черного моря — камбалы-калкана.

В 1971 г., связи со 100-летием СБС-ИнБЮМ и за заслуги в развитии биологической науки Институт биологии южных морей им. А.О. Ковалевского Академии наук Украины Украинской ССР был награжден орденом Трудового Красного знамени. В память о выдающихся ученых 21 сентября перед зданием Института были торжественно установлены бюсты Миклухо-Маклая Н.Н. и Ковалевского А.О.. Были подведены итоги изучения состава флоры и фауны в виде издания трехтомного «Определителя фауны Черного и Азовского морей», в котором описаны более полутора тысяч видов животных, обитающих в этих морях. Была создана, ставшая классической, схема исторической биогеографии Понто-Арало-Каспийского бассейна. В Институте была разработана рецептура красок, предохраняющих суда и подводные сооружения от обрастаний.

На первом советско-американском совещании по вопросу сотрудничества в области защиты окружающей Среды в мае 1972 г. в Океанографическом институте в Вудс-Холе д.б.н. О.Г.Миронов представлял ИнБЮМ.

В 1974 г. был сдан в эксплуатацию радиобиологический корпус ИнБЮМ, постепенно выросший в специализированный, единственный в СССР, радиохемоэкологический комплекс. Мировая известность г. Севастополя связана не только со славой двух героических оборон, но и с центром, где зародилось и развивается новое направление радиобиологии — радиохемобиология. Радиобиологический корпус получил статус объекта Национального достояния Украины.

В 1976г. в свой первый рейс с целью исследования центральной части Атлантики вышло новое, специально оборудованное научно-исследовательское судно «Профессор Водяницкий».

В 1977г. пост директора Института взамен ушедшему на пенсию Грезе В.Н. занял доктор биологических наук Заика В.Е. (с 1978г. — чл.-корр. АН УССР) перед этим руководитель отдела бентоса. Заика В.Е. начал работать на СБС в 1962г. Его научные исследования посвящены экологии свободноживущих организмов, проблемам роста животных, продуктивности, морской биоценологии.